כפיפות מבקר פנים חשבונאות וביקורת
לועזית: internal controlers subordination

כפיפותו של המבקר הפנימי היא, על פי רוב, לגורם הממנה (ראה: מינוי מבקר פנים) ולעתים - כשהגורם הממנה הוא מליאת מועצת המנהלים, כפוף המבקר הפנימי ליו"ר מועצת המנהלים ו/או למנהל הכללי. אחריותו של המבקר הפנימי הוא רק כלפי הגוף הממנה לעומת אחריותו של רואה חשבון חיצוני, שהיא כלפי גורמים שונים בתוך החברה ומחוצה לה. יעדי הדיווח של המבקר הפנימי הם, בדרך כלל, לגורם הממנה, אף כי יתכנו שילובים שונים של הגורמים שלהם מיועד הדיווח. לצורך שמירת מידת אי תלות של המבקר הפנימי שבודק את הפעילות של ניהול העסקים, נהוג שלא להכפיף אותו ישירות אך ורק לאנשים האחראים לניהול העסקים כמו מנהל עסקים או מנהל כללי.